1913年7月，孙中山发动以讨伐袁世凯为目标的“二次革命”。他坚决主张联络各省共同讨袁。9月，与孙中山等9人遭袁世凯通缉，再次逃亡日本。隐居在九州福冈县，更名林泉逸，著有带自传性质的《石叟牌词》，保存了许多珍贵的辛亥革命史料。虽身处异国，仍时时关心讨袁大计。1915年，致电蔡锷：“直抵燕元，以诛元凶”。并往返于南洋、新加坡等地筹款和组织力量，积极开展反袁斗争。1916年6月回沪养病。6月8日，孙中山在广东组织护法军政府，他积极联系党人，坚持维护南京临时政府《约法》。1920年4月24日在上海病逝，终年60岁。归葬新化县水车毛田。
